Der Überlieferung von Ternate nach wurde das eigentliche Sultanat bereits im Jahre 1257 von Kaicil Mashur Malamo (wahrscheinlich von arab. Mu’allim Mashur) auf der kleinen Insel Ternate begründet. Allerdings existierten nach anderen Quellen bereits bis zu vier kleinere Herrschergebiete auf dem Gebiet von Halmehera.
Der erste Herrscher, der nachweislich auf Ternate den Islam annahm, war Kolano Marhum, (1465 – 1486), der sich um Erweiterung der Handelsbeziehungen zu Java, Malaysia und China bemühte. Die Reihe der eigentlichen Sultaane von Ternate wird jedoch erst mit Marhums Nachfolger, Zainalabidin (1486 – 1500), angesetzt. Die Einwohner dieser Gegend waren bis ca. 1450 weitgehend Animisten bzw. geringfügig durch die hinduistische Tradition von Majapahit beeinflusst, welches zeitweise auch Halmahera kontrollierte.
Der Islam wurde sowohl in Ternate als auch in Tidore nicht mit hindu-javanischen Aspekten vermischt, was dafür spricht, dass zum einen nur die animistische Tradition zur Zeit der Islamisierung (also ca. 1500) bestand, und zum anderen der Islam schnell und gut angenommen wurde. Über die Frühgeschichte Tidores ist vergleichsweise wenig bekannt, aber die Islamisierung verlief in ähnlicher Weise, zu ähnlicher Zeit und mit demselben Ergebnis.
Obwohl die beiden Inseln Ternate und Tidore direkt benachbart sind und im Zentrum der Halmahera-Inselgruppe liegen, waren sie immer Konkurrenten und manchmal sogar Feinde. In friedlichen Zeiten teilten sie ihre Einflussgebiete so auf, dass Ternate sich eher in Richtung Westen (nach Sulawesi hin) ausdehnte, während Tidore sich nach Osten und Süden hin ausbreitete.
Die Geschichte dieser Region ist aber vor allem von unglaublich brutaler Ausbeutung und Massakern durch europäische Kolonialmächte gekennzeichnet, beginnend mit Portugiesen und Spaniern, später durch die Holländer fortgesetzt. Segen und Fluch der Molukken – und letztlich auch Ternates und Tidores – waren die besonderen Gewürze, die es weltweit nur hier gab: Muskatnüsse und Gewürznelken (erst im 19. Jh. gab es erfolgreichen Nelkenanbau auf Zanzibar/Ostafrika).
Bis zur Ankunft der Portugiesen übernahmen arabische Händler – vor allem aus dem Jemen und Oman – den Handel von Aceh aus; ab 1500 waren aber schon stark muslimisch-javanische Händler am Handel mitbeteiligt.
1512 landete der Rest einer portugiesischen Expedition auf den Banda-Inseln und kann mehrere Schiffsladungen Muskatnüsse erwerben, die damals in Europa ihr Gewicht in Gold wert waren. Trotz Schiffsbruchs setzt einer der Navigatoren Francisco Serrão, seinen Weg bis Ternate fort und bietet Sultaan Bayanullah (1500 – 1522) portugiesische Unterstützung gegen Tidore an. Das Angebot wird angenommen und der erste portugiesische Stützpunkt auf Ternate errichtet. Nach manchen Berichten wurde Bayanullah vergiftet, offenbar, weil es einigen Adligen missfiel, wie er mit den Portugiesen Verträge geschlossen hatte.
Durch die portugiesische Einnahme Malakkas 1511 eröffneten sich nun neue Möglichkeiten eines kolonialwirtschaftlichen Netzes und bis 1520 besuchten die Portugiesen weitgehend friedlich die gesamte Inselgruppe der Molukken. Der Gegensatz zwischen den beiden Sultanaten wurde verfestigt, als 1521 die Spanier mit Sultaan Mansur von Tidore (1512 – 1529) einen vergleichbaren Handels- und Schutzvertrag abschlossen, wie ihn die Portugiesen in Ternate besaßen. Daraufhin errichtete eine weitere portugiesische Expedition unter De Brito 1521 eine starke Festung. Kurz darauf besuchen die 18 (!) Überlebenden der spanischen Magellan-Expedition die Banda-Inseln und nahmen so viel Muskatnüsse an Bord, dass jeder der Überlebenden nach seiner Rückkehr in Portugal ein reicher Grundbesitzer wurde.
Ein erhebliches Problem zwischen Portugal und Spanien war ihre Konkurrenz in Asien; daher hatten beide Staaten 1494 – unter Hilfestellung des damaligen Papstes – in einem Geheimvertrag die gesamte Welt (einschließlich der noch zu erobernden protestantischen Gebiete) unter sich aufgeteilt. Sie stritten aber noch über Jahre hinweg über die exakte Position der eigentlichen Trennlinie, und dieses Problem wurde dadurch schwieriger, dass um 1494 die Inseln der malaiischen Welt in Europa noch nicht bekannt waren.
Da aber trotz aller Versuche keine endgültige Lösung akzeptiert wurde, setzte um 1521 der “Goldrausch der Gewürze” in den Molukken mit voller Gewalt ein, und schließlich kommen die Könige von Spanien und Portugal 1521 überein, dass die Molukken insgesamt an Portugal fallen und die Philippinen insgesamt an Spanien. 1536 begnügten sich die Portugiesen nicht mehr mit bloßer drohender Präsenz, sondern erklärten sich zu Protektoren Ternates. Antonio da Galvão wird der neue Gouverneur und veranlasste die Entführung und Verschleppung von Sultaan Tabariji (1532-36) ins portugiesische Malakka und ersetzte ihn durch einen seiner Brüder.
1570 wurden alle Portugiesen aus Ternate vertrieben: der damalige Sultaan Khairun (1535-1570) hatte offenbar Verhandlungen mit den Sultanaten Demak und Aceh geführt, um sich der Portugiesen zu entledigen. Der portugiesische Gouverneur auf Ternate verlangte unmittelbar nach diesen Verhandlungen, von denen ihm portugiesische Agenten wohl berichtet hatten, dass der Sultaan einen “Freundschaftsvertrag” mit der portugiesischen Krone unterzeichnete. Doch offenbar genügte ihm das nicht, am Morgen nach der Unterzeichnung fand man Khairun vergiftet, verdächtigt wurden mehrere vor Ort anwesende portugiesische Agenten. Unmittelbar nach Khairuns Tod wurde Sultaan Babullah Datu Syah (1570 – 1583) eingesetzt, der den Portugiesen Vergeltung androhte. Diese zogen sich sofort nach Tidore zurück, wo sie gerne – als Unterstützer gegen Ternate – aufgenommen wurden. Die Regierung von Babullah gilt als Blütezeit Ternates, hinsichtlich der Vertiefung des islamischen Wissens, der Praxis des Islam und der Herrschaft. Er dehnte das Herrschaftsgebiet bis zu Sulawesi, den Banda-Inseln, Makassar und teils auch bis zum Randgebiet der Sulu-See aus. Doch nach zunächst erfolgreichen Kämpfen gegen die Portugiesen gelang es ihnen 1583, Sultaan Babullah in einen Hinterhalt zu locken und gefangen zu nehmen; er starb auf seiner Reise in die indische Verbannung nach Goa.
Auch Sultaan Saidudin (1584 – 1606) setzte unmittelbar den Kampf gegen die Portugiesen und Spanier fort, wurde aber von den Spaniern gefangen genommen und in die Verbannung nach Manila geschickt.
1599 wandte sich das Blatt, als die ersten Holländer in Ternate landeten. Sie wurden zunächst als Händler – und erbitterte Gegner – der Portugiesen und Spanier – dort zugelassen, und vertrieben bis 1605 gemeinsam mit der Flotte von Ternate tatsächlich beide Nationen aus der Region.
Aber ab 1610 betrachteten die Holländer – formal nur als Partner der Sultaane – die Molukken als ihr neues Kolonialzentrum, und Ternate blieb dies auch bis zur Begründung des holländischen Batavia auf Java.
1602 wurde die VOC (Vereinigte Ostindische Companie) begründet, in der sich alle großen holländischen Handelsgesellschaften zusammenschlossen. Der holländische Staat erlaubte der VOC, Armeen (insbesondere Söldnerarmeen) aufzubauen, Festungen und Handelskontore zu errichten, Verträge für Holland auszuhandeln, und natürlich in Asien gegen Spanien und Portugal sowie allgemein Krieg zu führen. Die VOC begann also, große und gut bewaffnete Kriegsschiffe neben den reinen Handelsschiffen zu bauen und nach Indien und in den malaiischen Archipel zu entsenden.
Solcherart erhielt die VOC die Macht eines eigenständigen souveränen Staates, wohl auch darum, weil ansonsten die Kontrolle direkt von Amsterdam aus in Asien unmöglich gewesen wäre.
Der Hauptzweck jedoch war der Profit, und insbesondere auf den Molukken zeigte sich dies in der typischen holländischen Kolonialform: zunächst wurden der VOC unter Sultaan Kaicil Hamja (1627 – 1648) immer mehr Handelsrechte eingeräumt, gegen die einheimischen javanischen, arabischen oder chinesischen Händler. Der nächste Schritt bestand in dem Zugeständnis des Monopols auf Handel UND Anbau bestimmter Luxuswaren wie eben Gewürznelken, wie es unter Sultaan Mandarsah (1648 – 1675) verhandelt und gegen Waffenhilfe von holländischer Seite festgelegt wurde. Sobald der Anbau in ihrer Hand war, pflegten die Holländer entweder die Bauern mit Gewalt zu zwingen, kostenlose Fronarbeit auf ca. einem Drittel ihrer Felder für die VOC zu leisten, oder ein Teil der Ernte wurde nach Batavia gebracht und zeremoniell (zur Schaustellung der Luxusverschwendung) öffentlich verbrannt, um den Preis in Europa hoch zu halten (natürlich ohne Ausgleich für die Bauern). Auf den Banda-Inseln schritten in diesen Jahren (ca. 1660) die Söldner zum Radikalschnitt und ermordeten über die Hälfte der Einwohner, um einen Muskat-Schmuggel zu unterbinden, nachdem man bereits einen Teil der Muskatbäume vor den Augen der Bauern gefällt hatte.
Die Söldner der VOC gingen seit 1660 zudem so brutal gegen jede Art von Aufstand vor, dass die Bauern ihre Anführer lieber auslieferten, als sich und ihre Dörfer verbrennen und dem Erdboden gleichmachen zu lassen.
Tidore wiederum sah seit 1650 die holländischen Ausschreitungen gegen die Zivilbevölkerung und stellte sich daher lieber unter das portugiesische Protektorat. Zwar wurde 1657 auch zwischen Tidore und der VOC ein gesonderter Vertrag geschlossen, doch konnte sich Tidore – im Gegensatz zu Ternate – noch bis ca. 1748 relativ frei von holländischem politischem Einfluss halten. Erst 1779 wurde Tidore offiziell zu einem Vasallen der VOC und musste seine Souveränität ganz aufgeben.
Durch Festungen und erhebliche Söldnerarmeen hatte die VOC schließlich die Molukken unter realer Herrschaft. Ein Aufstand unter Sultaan Kaicil Sibori (1675 – 1690) im Jahr 1680 misslang, der Sultaan musste fliehen, wurde gefangen und zu einem Vertrag gezwungen, nach dem Ternate zu einem Lehen der VOC wurde.
1728 ließ die VOC einen Friedensvertrag zwischen den konkurrierenden Reichen von Ternate und Tidore abschließen, durch den sie auch über Tidore die letztliche Kontrolle gewann. In dieser Zeit trat ein Prinz der Sultaansfamilie von Tidore hervor, Prinz Nuku, der sich gegen die VOC stellte und teils auch mit den Engländern Allianzen schmiedete. Dazu griff er auch den heimlichen Verbündeten der VOC, den herrschenden Sultaan von Tidore, Sultaan Patra Alam (1780 – 1784), an. In dessen Herrschaftszeit konnte Nuku seine Macht ständig ausbauen und erst der Nachfolger Patra Alams, Sultaan Kamaludin (1784 – 1797), stellte für Nuku eine Gefahr dar.
Die Jahre von 1797 bis 1803 wurde durch den erfolgreichen Vorstoß der Engländer gegen die Holländer gekennzeichnet. Nuku von Tidore verbündete sich mit ihnen gegen die Holländer, und bis 1798 konnten sich die Molukken vollständig von den Holländern befreien. Allerdings wurde der Schritt, dass nun Tidore Ternate in den Schatten stellte und mehr Macht im Archipel ausübte von Ternate nicht begrüßt.
Nach mehrmaligem Machtwechsel zwischen Holländern und Briten bis 1817 blieben die Holländer, weil Großbritannien sich in diesen Jahren wegen des britischen Interesses an Malaya und Borneo mit den Holländern einigte. Somit wurde 1817 in Ternate ein Aufstand gegen die wiedergekehrten Holländer begonnen, doch durch Verrat lokaler Fürsten war dieser wie auch folgende Aufstände ergebnislos. Als 1833 das holländische Monopol aufgehoben wurde, aber der Gewürznelken- und Muskatnusshandel aus den Molukken nicht mehr so ertragreich war, traf dies die Bauern doppelt und führte zu anti-holländischen Erhebungen. Eine weitere Folge war, dass viele Bewohner der Molukken sich Piraten unter Makassar- und Bugi-Führung aus Sulawesi anschlossen, sodass selbst für holländische Schiffe Gefahr bestand.
Der letzte tatsächlich regierende Sultaan von Ternate war Haji Muhammad Usman Syah (1896-1927), der gegen die holländischen Kolonialherren kämpfte, unterlag und 1927 nach Bandung verbannt wurde, wo er kurz darauf verstarb. (Die heutigen Herrscherr – derzeit Mudhaffar Syah II., seit 1986 inthronisiert – sind nach der Republiksgründung Indonesiens rein repräsentative Sultaane).