Unter As–saalih (638-647/1240-1249) entstand Opposition gegen die ayyubidische Herrschaft. Um dieser entgegenzutreten, schuf As–saalih ein neues Regiment aus Militärsklaven, die zunächst ihre Inselkasernen am Nil erhielten und darum die Bahri-Mamluken genannt wurden. Ein Jahr nach dem misslungenen Kreuzzug Ludwigs IX. ermordeten die Bahri-Mamluken seinen Sohn und Nachfolger Tuuraan Schaah und rissen die Macht in Ägypten an sich unter Mitwirkung eines hohen Offiziers namens Baibars, der später noch von sich reden machte. Syrien blieb zunächst den Ayyubiden gegenüber loyal. An-naasir Yuusuf, ein Enkel Salaahud-diins, wurde zum Sultaan von Damaskus ausgerufen. 648/1250 versuchte er vergeblich, durch einen Angriff auf Ägypten die ayyubidische Macht wiederherzustellen.
Als die Mongolen im Jahr 658/1260 fast alle Ayyubiden-Emire entmachteten, war der Weg zur Macht für die Mamluken frei. Sie schlugen die aus dem Irak vordringenden Mongolen bei ‘Ain-dschaaluut und nahmen alle ehemals ayyubidischen Gebiete ein. Die Mamluken waren Militärsklaven, die aus dem Gebiet der Qiptschak in Südrussland gekauft und in Ägypten zum Islam bekehrt wurden. Im Gegensatz zu den recht lockeren Verbindungen der einzelnen Lehensgebiete und Emirate der Ayyubiden verwalteten die Mamluken ihr Gebiet sehr streng zentralistisch, indem sie die Militärverwaltung unter den Leuten des Schwertes in ihrer Hand beließen, während die Leute der Feder (Zivilverwalter und Finanzaufseher) meist Araber waren und nur von einem mamlukischen Offizier kontrolliert wurden. Die Leute des Turbans waren die Qaadis der verschiedenen Schulen einschließlich der Muftis und Muhtasib-Richter und unterstanden direkt dem Mamlukensultaan.
Das Besondere an den Mamluken war, dass sie sich durch immerwährenden Nachschub an Sklaven – ohne geburtsrechtliche Dynastie – einen selbständigen Militärapparat schufen, der später auch die Verwaltung übernahm. Ihre Art der Verwaltungstrennung sollte später den Osmanen als Modell dienen.
Außenpolitisch besiegelten die Mamluken nach Beseitigung der Mongolengefahr endgültig das Schickal der Kreuzfahrerstaaten. Im Jahr 661/1263 wandte sich Baibars, der Mamlukensultaan Ägyptens, der Vernichtung der Kreuzfahrerfestungen zu, wobei den Küstenstädten durch Zerstörung der Gärten und Infrastruktur wirtschaftlicher Schaden zugefügt werden sollte. Systematisch wurden Festungen erobert und viele zerstört, um keinem Kreuzfahrerheer mehr Ansatzpunkt zu sein.
663/1265 wurden Arsuf und Caesarea erobert, und 664/1266 Saphet, das zum Militärstützpunkt ausgebaut wurde. Die nördlichst gelegene christliche Stadt der Lateiner, Antiochia, wurde 666/1268 zerstört. Durch den Nachfolgestreit nach Baibars Tod 672/1273 hatten die Kreuzfahrer einen kurzen Aufschub. Doch unter Sultaan Qalaawuun wurde der Angriff gegen die Johanniter 684/1285 weitergeführt, die kurz davor standen, sich mit den Mongolen gegen die Muslime zu verbünden. Aus Furcht vor einer Einnahme von Tripolis durch die Genuesen ließ Qalaawuun die Stadt nach ihrer Einnahme 688/1289 vollständig zerstören und beließ nur die Kreuzfahrerfestung, die sich auf den Anhöhen über der ehemaligen Stadt befand. So hatte die Genuesische Flotte, die 689/1290 anlanden wollte, keine Chance.
690/1291 nahm der Nachfolger Qalaawuuns, Al-aschraf Salaahud-diin Chaliil, die letzte Hafenfestung der Kreuzfahrer Akkon ein. In den folgenden Monaten wurden alle verbliebenen Städte der lateinischen Kreuzfahrerstaaten erobert und alle Zeichen der lateinischen Christen zerstört. Die Kreuzfahrerstaaten waren damit ausgelöscht. Danach regierten die Mamluken Ägypten bis zu ihrer Eroberung durch die Osmanen.
